Hoy día se comprende la Inquisición de otra manera, no estudiándola aislada, sino encuadrándola en la historia de la intolerancia. Y solo parecen justas las quejas sobre la continuidad de la Inquisición, si se refieren al período que se abre en la historia de la intolerancia, después de las polémicas del humanista Vesalio. Actualmente se explica la Inquisición como un fenómeno de la intolerancia, que durante mucho tiempo predominó en todo el mundo y en la cultura occidental. El hecho de que la española haya sido considerada de un modo particular como una muestra de intolerancia nacional, se debe a que, por peculiaridades de nuestra historia manteniendo la unidad religiosa que motivó las guerras civiles del siglo XIX, perduró hasta el año 1833.

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